唯心主義者的問題是既承認心物不二，萬物有靈（心物構成生命，生命包括物質，還包括靈性），卻又不知道靈性（物性）是依托物質（體）而顯現，而生存的，物質體有賴靈性（物性）來區分來表現。（舉例）因為他們（多數自稱佛教徒）不知道這一點，不理解這一點，所以先把二者割裂分離開來，使物質體與靈性（物性）各自獨立，然后再來一個結合，形成新的生命。這與心物不二，萬物有靈之說自相矛盾。心物不二說的就是物質體與靈性（物性）的統一，或者說物質體包含著靈性（物性），靈性（物性）體現著物質體，二者不可分離。這種理解不僅合理、明朗，而且對進行科學研究意義重大。可以說，只要發現了某種物質體，我們就能肯定它具有某種靈性（物性），進而研究它的特性與價值；只要發現了某種靈性（物性）現象，我們也就能確定它是某種物質體的外在表現，進而順蔓摸瓜，找到它存在的根源，發現那些玄妙的物質體，就像順著珍珠的光輝尋找珍珠一樣。

心物不二，大到人心人體，小到微生物，一切有生命之體，甚至無生命體，都是一個物與性、質與靈的統一。

在解決了上述物與性，質與靈的統一，也即心物不二問題的前提下，對萬物有靈也就能夠理解了。

因為，現在我們已經知道，按照唯心主義的解釋，萬物有靈就是萬物都有靈魂，多數人把這靈魂理解為像人一樣的靈魂，靈魂可脫離物體而存在，既見性不見物。這是一種夸張和幻想的結合，部分合乎現實，部分超脫現實。按照唯物主義(有的自稱辯證正唯物主義)說法，萬物有靈是唯心的、反動的。這是機械地認為人有靈，物無靈，結果是面對許多靈異現象而束手無策、裝聾作啞。

為了搞清這個問題，需要首先澄清靈這個概念的內涵。因為長期以來的爭論多數是由于對靈這個概念理解指謂不統一造成的。

靈是什么？靈是心靈，是思維，是意識，是主觀世界的主宰，是靈魂。這一點大家的認識是同一的，無需細說。

靈是大腦的功能，是大腦神經物質的功能，這是唯物主義的世界觀，是科學的。不過，唯心主義不這樣認為。唯心主義認為靈、靈魂是獨立于肉體而存在的非物質的東西，是可以游離于肉體之外的可以倒識入胎的阿賴耶識，他們一直沒能將大腦與靈相結合。這不僅不科學，也自相矛盾。