黨的十七大提出貫徹落實科學發展觀，即“堅持以人為本，樹立全面、協調、可持續的發展觀，促進經濟社會和人的全面發展”，按照城鄉區域、經濟社會、人與自然、國內對外“五個統籌”的要求，推進各項事業和工作。不久前十七屆五中全會關于“十二五”規劃的《建議》，鮮明地強調了加快經濟發展方式轉變的主題。在當前我國經濟在抵御世界金融危機沖擊后企穩向好，宏觀調控中矛盾主要方面已從“內需不足”更多轉向“結構制約”的情況下，黨中央要求加快發展方式轉變，具有貫徹落實科學發展觀的重大指導意義，針對的是現實生活中的粗放發展、低水平重復建設等問題。這些問題的負面效應隨經濟社會發展而日趨凸顯，加劇了資源、環境制約，是我國中長期建設全面小康社會和推進可持續現代化進程的深層拖累。為實現科學發展，在當前繼續擴大內需的同時，需要把短期調控與中長期的制度設計與建設、機制轉變與改善，緊密結合起來，其中包括積極建立健全有利于科學發展的財稅體制機制。 
 
    一、深化改革，構建財權與事權相呼應、財力與事權相匹配的財稅體制
    1994年財稅配套改革形成的分稅制為基礎的分級財政體制，需要在深化改革中進一步改進，以強化各級政府內生的科學發展動因。 
 
一是逐步形成合理的事權明晰劃分方案，進而理順中央與地方財權配置和收入劃分，促進經濟發展方式轉變與統一市場形成。從總體上看，政府層級和財政層級應在“扁平化”改革取向下適當減少，中央、省、市縣三級的職能和事權，應當按照市場經濟客觀要求力求合理化和清晰化，由粗到細地形成事權明細單（其中包括共擔事權部分的具體分擔方案），進而應按財權與事權相呼應的原則，努力使稅基劃分合理化，酌情減少共享稅。那些容易造成稅源轉移和跨地區間分配不公的稅種，以及有利于在中央層級實施收入分配調節、推動經濟發展方式轉變、促進資源永續利用以及統一市場形成與完善的稅種，應當確定為中央固定收入。具體而言，中央政府為履行宏觀調控職能，應當掌握有利于維護統一市場、流動性強、不宜分隔、具有收入再分配和宏觀經濟“穩定器”功能的稅種如個人所得稅，有利于貫徹產業政策的稅種如消費稅，以及與國家主權相關聯的稅種如關稅。地方政府為履行提供區域性公共產品和優化轄區投資環境的職能，應當掌握流動性弱、具有信息優勢和征管優勢、能與履行職能形成良性互動關系的稅種如房地產稅和資源稅等。
二是抓住適當時機推進資源稅、物業稅改革，充實地方稅體系，壯大地方收入，提高地方公共服務的保障能力。地方稅主體稅種的稅基應較寬廣、收入穩定、具有非流動性且稅負不易轉嫁，使本地稅負落到本地居民身上，把地方公共物品的成本和功效較好聯結起來。我國地方稅主體稅種可考慮主要由營業稅、物業稅（即房地產稅）、城市維護建設稅和資源稅四項組成。此外，應研究賦予地方政府層面對某些稅種的選擇權和某些地方稅的稅目、稅率等的調整權，以及將來對某些區域性稅源的設稅權。
三是加快發展健全規范的中央、省兩級自上而下的轉移支付制度，以及必要的“對口支援”等橫向轉移支付制度，發揮財政均衡制度功能。繼續擴大一般性轉移支付資金規模，清理整合專項轉移支付項目，完善因素法的轉移支付。針對各地區不同的主體功能定位，應把對于農林牧區域、生態區域的轉移支付支持，進一步制度化、規范化。還可以考慮結合主體功能區建設，建立基于生態補償的橫向轉移支付制度，即在經濟和生態關系密切的同級政府間建立區際生態轉移支付基金，通過上、下游和全流域不同行政區政府之間的相互協作，實現生態成本在區域間的有效分擔與“共贏”的發展。因此，下一階段在特定水系、流域的上、下游之間，生活用水的水源地和使用地之間，需積極試行通過上級協調、專家參與談判等方式建立“一對一”的橫向生態補償制度。
四是完善企業所得稅稅源總分制度，優化相關利益均衡機制?？缡∈衅髽I總分機構實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的納稅方式，在一定程度上促進了地區間稅收公平，但造成了總機構與分支機構主管稅務機關的不一致，仍然引發跨區總分機構的企業所得稅歸屬和征管權之爭。今后應當從平衡兩套征管系統和地區之間利益博弈角度進一步改革稅源總分制度，將收入任務、管理事項等相關責權利作合理配置，調動分支機構主管稅務機關的管理積極性，追求更為合理的利益均衡。
    二、構建有利于支持自主創新和走創新型國家道路的財稅機制
    在我國加快轉變經濟發展方式，必須走建設創新型國家之路，充分發揮科技“第一生產力”的能動作用，把增強自主創新能力作為發展的戰略基點和調整產業結構、實施節能降耗、低碳增長的中心環節。財政應充分運用經濟手段實行杠桿式支持。
要建立健全支持和鼓勵創新型國家建設和企業自主創新能力建設的財政支出機制和稅收制度。一是應為構建以企業為主體的自主創新體系提供必要的貼息、信用擔保等支持；業已成立并運行了若干年的國家中小企業創新基金，需要擴大規模，改進管理，更多運用乘數效應較大的貼息方式，以及規范的參股方式，而不是簡單的撥款支出方式。二是應探索財政以適當方式介入，為部門、企業建設科技實驗室、中試基地、孵化基地等提供一定的資金支持，并積極發展產業基金和以政策性扶持為導向的風險創業基金的母基金。三是積極改進和健全知識產權的保護制度，并通過實施政府支持性采購政策（包括首購政策），扶持自主知識產權的市場化應用和創新型企業發展。四是制定、改進和完善激勵企業加大研發投入的一系列稅收政策。稅收優惠政策的著力點應適度前移，力求針對企業或科研單位實際科研項目投入予以鼓勵。
同時，需要更明晰地把握財政支持自主創新發展的重點領域和方向。總體而言，對于事關國計民生、國家安全的核心技術，重大專項，以及具有全局性、帶動性的關鍵共性技術，如能源開發與安全生產、水資源和環境保護技術，航天航空和海洋技術，基礎科學和前沿技術等，應作為財政支持發展的重點領域和方向。對于有良好市場前景的技術，如裝備制造、信息產業領域的系統設計技術、控制技術與關鍵總成技術等，應主要依靠市場機制，作為企業和企業集團攻關與發展的重點領域和方向。同時，對關系國家全局和戰略利益、企業難以獨立完成的大型技術裝備項目，和需聯合攻關的重大專項，給予必要支持，力求集中力量取得突破。在推動過程中，財政應根據相關的財力、技術、條件準備狀況等因素，選擇一定領域和方向，有重點、有目標、分步驟，量力而行，并與政策性金融、開發性金融、商業性金融資金等積極形成合力，充分借助市場機制配置資源的基礎作用和高效管理機制。
    三、完善促進環境保護和資源合理利用的稅費制度
    在科學發展觀指導下，針對我國目前環境污染和資源浪費嚴重的情況，需要完善促進環境保護和資源合理利用的稅費制度，健全懲罰和激勵機制。
一是改革和完善探礦權和采礦權（礦業權）的價、稅、費制度。在確立礦產資源有償使用方向后，全面實行礦業權有償取得制度，完善礦業權價格形成機制。同時應將礦產資源稅和以礦產資源補償費形成環境修復基金、安全生產基金等這兩條線索合理分離，各歸其位。
二是擴大資源稅的征收范圍并改進其稅率設計。長遠看應將沒有納入現行征稅范圍的資源品種，如水資源、森林資源等納入征稅范圍，將現有的某些資源性收費并入資源稅。資源稅征收機制與稅率設計應體現有利于提高回采率、調節級差收益、促進公平競爭和合理對應市場周期波動、以及配合資源產品價格改革的客觀要求。近期應力求抓住通脹尚未形成現實壓力的操作窗口，把我國資源稅改革向前推進。
三是研究促進現有稅制的“綠化”和開征新的環保稅、探索該體系內的碳稅等。導向上應分層級地啟動“綠色稅收轉型”，逐步實現征稅重點由流轉稅向能源環境稅的轉移，把綠色稅收調節范圍由工業擴大到建筑、交通、公用事業等領域。具體考慮，一方面，可研究開征專門的能源環境稅（比如碳稅），提高其在財政收入中的比重，使之成為節能降耗、促進資源循環利用、減少排污的有效激勵機制和重要資金來源。另一方面，相應降低流轉稅和企業所得稅的稅率，減少來自流轉稅、所得稅的地方投資擴張動因。
    四、完善促進基本公共服務均等化和收入合理分配的財稅制度
    科學發展的重要方面是社會關系、人與人關系的和諧與合理調節。這方面財稅的應有作為至少包括兩大方面：
一是逐步建立公共服務標準體系，酌情推進基本公共服務均等化。在充分考慮各地自然、地理、人文等因素所導致的成本差異后，對各項公共服務所應達到的水平建立量化標準，并依據社會經濟發展情況設立自動調整機制，在此基礎上，研究制定推進基本公共服務均等化的目標與方案。要在基本民生托底事項有統一制度安排的基礎上，進而追求基本公共服務在不同區域，在公民人均使用價值形態上，逐漸趨于大體一致，切實保障社會公眾，特別是低收入階層的基本公共生活需求，提高低中收入階層的收入水平和消費能力。
二是構建收入分配的宏微觀制度安排，完善以稅收為主的收入再分配制度。完善促進國民收入與社會財富合理分配的宏觀政策和制度，消除不合理壟斷，健全社會保障。積極推進個人所得稅改革，研究建立綜合與分類相結合的個人所得稅制，合理調整稅率級距和水平，進一步強化所得稅的累進性質。逐步完善個人申報制度，加強稅源監控和稅收征管，加大對高收入調節力度，更好地發揮個人所得稅的收入再分配作用。還應加強對財產性收入的調節，適時開征房地產稅，并研究開征遺產與贈與稅。還應配合社保體系改革與建設，加快研究開征社會保障稅。另外，為加快慈善事業發展，應運用稅收優惠政策積極扶持公益性、慈善性基金的發展，促進引導“第三次分配”發揮緩解收入差距擴大的作用。
    此外，還要以加強科學化、精細化管理為主線，把財稅的體制創新與預算體系的一系列管理創新、相關的技術創新（如金財工程）緊密結合，良性互動，更好發揮財政“以政控財、以財行政”服務于科學發展大局的作用。