國內許多企業在進行管理模式變革或實施新政策之初，員工的抗拒感比較大，推行有較多阻力。企業在導入阿米巴經營模式時，需要建立阿米巴經營的激勵體系。

　　阿米巴經營模式的重要目標是“人人成為經營者”，企業在追求利益的同時重視員工的幸福感和培養有經營意識的人才，調動員工的積極性。阿米巴是全員參與的經營，它離不開相應激勵體系的建立。而阿米巴組織劃分就是為員工提供機會，讓員工能站在經營者的立場去出發，為經營好阿米巴組織而謀劃。這需要企業給予一定的支持和權力，才能讓員工感到重視，與企業站在同一陣線一起成長，從而在阿米巴之間的形成良性競爭。

　　阿米巴經營激勵體系是根據現有人力成本來進行核算的，獎金是按收入總額階段進行核算的，在不同的階段對高、中、基層的主要決定作用按比例進行分配。阿米巴經營落地導師楊薦民認為可以從中看出三點：

　　第一，在只完成了目標任務的時候，基層員工獲得獎金最多，說明企業高層領導的決策對增加收入沒起任何作用，此時是基層員工的作用最大，因此這個階段應該給基層員工分配較多獎金；

　　第二，當實際完成任務超出目標任務一點點的時候，企業高層領導和中層管理者獲得的獎金有所提高，說明在此階段，企業中高層領導人的決策對增加收入起了一定的作用，但還是基層員工起主導作用。

　　第三，當實際收入大大超出目標收入的時候，企業高層決策者獲得最高的獎金分配，說明在此階段，起決定作用的是企業高層了，因此企業高層應獲得更多的獎金。