在寧遠戰役中，努爾哈赤受重挫，沒過多久受重傷，努爾哈赤去世了，袁崇煥特地派使者到沈陽假意去吊喪，其實是為了探聽后金的動靜。皇太極對袁崇煥窩了一肚子的怨恨，但是因為后金剛打敗仗，軍隊需要休整，再說他趁機也想試探一下明朝的態度，所以，不但接受了袁崇煥的使者，還派使者到寧遠去表示感謝。雙方表面上緩和下來，背地里卻都在加緊準備下一步更加激烈的戰斗。

第二年，皇太極親自率領大軍攻打明軍。后金軍兵分三路南下，先把錦州城團團包圍起來。袁崇煥料定皇太極的進攻目標是寧遠，決定自己留在寧遠率兵防守，派副將帶領4000騎兵援救錦州。援兵還沒出發，皇太極已經帶兵攻打寧遠了。袁崇煥親自出戰，到城頭上督戰下令用大炮猛轟后金軍。同時，城外的明軍援軍也和城里的兵土內外夾擊，把后金軍趕跑了。

皇太極見攻城失利，就把人馬撤到錦州。但是錦州的明軍守得非常嚴實，加上天氣轉暖，后金軍士氣消極不振，皇太極只好退兵。

這次袁崇煥又打了一個大勝仗。可是，以魏忠賢為首的閹黨卻把功勞記在自己名下，反而責怪袁崇煥沒有親自率兵去救錦州。袁崇煥知道魏忠賢有，心為難他，迫于魏忠賢的淫威，他辭去了職務。

1627年，昏庸無能的明熹宗得病死去，他的弟弟朱由檢即位，就是明思宗，也叫崇禎帝（崇禎是年號）。

崇禎帝早就了解魏忠賢作惡多端、專橫跋扈、民憤太大，他一即位，就宣布了魏忠賢的數條罪狀，把魏忠賢充軍發配到鳳陽。魏忠賢知道自己十惡不赦，肯定活不成，在半路上服毒自殺了。

崇禎帝整治了閹黨以后，又給楊漣、左光斗等人平反了冤獄。此時，許多大臣請求把袁崇煥召回朝廷。崇禎帝接受了這個意見，并且提拔袁崇煥為兵部尚書，負責指揮整個河北、遼東的軍事。崇禎帝問他有什么計劃與打算。袁崇煥說：“只要給我指揮軍事的大權，朝廷各部一致配合，我敢說不出5年，可以恢復遼東。”

崇禎聽了十分高興，感到袁崇煥確實有雄才大略，是個難得的將領，于是下令給袁崇煥一口尚方寶劍，準許他全權行事。

袁崇煥重新回到寧遠，選拔人才，整頓隊伍。當時的東江總兵毛文龍作戰不力，卻又屢次虛報軍功，不服從袁崇煥的指揮。袁崇煥一氣之下，使用尚方寶劍，把毛文龍殺了。這件事震驚全軍上下沒有誰敢違抗他的命令。

皇太極上次打敗仗，一直在伺機反擊，他知道寧遠、錦州防守十分嚴密，決定改變進兵路線。于1629年10月，率領幾十萬后金軍，從龍井關、大安口（今河北遵化北）繞到河北，直撲明朝京城北京。

這一招大大出乎袁崇煥的意料，給袁崇煥一個措手不及。袁崇煥趕快下令出兵，想在半路上把后金軍攔住，可是已經來不及了。后金軍長驅直人，一直來到了北京郊外。袁崇煥帶著明軍剛到北京，沒顧上休息，就和后金軍展開激烈的戰斗。他幾路前來增援的明軍，也陸續趕到，投入戰斗。

后金軍大舉進攻北京，這消息引起了全城震動。崇禎帝坐臥不寧，不知該怎么辦才好，后來聽說袁崇煥帶兵趕到救駕，心才安定了一些。他親自召見袁崇煥，慰勞了一番。然而一些魏忠賢的余黨此時卻散布謠言，說這次后金軍繞道進攻北京，是袁崇煥故意引進來的，說不定里面還有什么更大的陰謀。

崇禎帝是個猜疑心極重的人，聽了這些謠言，也有些懷疑起來。正在這個時候，有一個被金兵俘虜去的太監從金營設法逃了出來，向崇禎帝密告，說袁崇煥和皇太極二人已經訂下密約，袁崇煥要出賣北京。這個消息像晴天霹靂，把崇禎帝嚇呆了。

原來，明朝有兩個太監被后金軍俘虜去以后，被關在金營里。一天晚上，一個姓楊的太監半夜醒來，聽見兩個看守他們的金兵在外面輕聲地談話。

一個金兵說：“今天咱們臨陣退兵，完全是皇上（指皇太極）的意思，你可知道這其中的原因嗎？”

另一個說：“什么原因？”

一個又接著說：“剛才我就看到皇上朝著明營的方向急走，明營里也有兩個人過來，他們談了好半天話才回去。聽說那兩個人就是袁將軍派來的，他已經跟皇上有密約，眼看大事就要成功啦……”

姓楊的太監偷聽了這番話，趁看守他的金兵不注意，偷偷地逃了出來，跑回皇宮向崇禎帝報告。崇禎帝聽了后信以為真。他哪里知道，這恰恰是皇太極預先布置的反問計。

崇禎帝大怒，命令把袁崇煥押進死囚大牢。

有個大臣知道袁崇煥平日忠心為國，絕無他意，覺得這件事情非常蹊蹺，于是就勸崇禎帝三思而行，崇禎帝拒絕大臣的良言勸告，一意孤行，第二年，袁崇煥被崇禎帝處死。

皇太極用反間計除掉了對手袁崇煥以后，就退兵回到盛京。從此以后，后金越來越強大。1635年，皇太極把女真改稱滿洲；1636年，皇太極在盛京稱帝，改國號為清，皇太極就是清太宗。