課堂教學結構的設計也是教學設計的一項重要內容，在確定了具體的教學目標、內容、方法和媒體后，如何將這些因素有效地組織在教學過程中，就需要從教學結構的角度加以設計。因此，確定課堂教學結構的過程，實際上也就是對各種教學因素、教學環節進行組裝、統整的過程。課堂教學結構的設計一般遵循三個步驟：

第一步，選取教學環節。一般的教學環節包括明確教學目標，閱讀感知教材，教師講授、解疑，學員討論問題、演練、復習，系統小結等，但由于學科性質、教學任務的差異，這些環節并不是每堂課都必須具備的。一堂課究竟應由哪些環節組成，需要教師根據學科特點和教學的實際需要來選取。

第二步，在選取教學環節后，要具體設計課堂教學各環節的組織，即將各教學環節進行有機組合，安排各環節的先后順序，使之前后環連，成為一個適于教學的整體結構。

第三步，對各教學環節的設計進行“統調”，使各部分教學內容的組織有機協調，協同作用，做到重點突出，兼顧全面，以保證整體功能大于各部分之和，保證教學目標的實現。